Особенности современного системного анализа вытекают из самой природы сложных систем. Имея в качестве цели ликвидацию проблемы или, как минимум, выяснение ее причин, системный анализ привлекает для этого широкий набор средств, использует возможности различных наук и практической сферы деятельности. Являясь по существу прикладной диалектикой, системный анализ придает большое значение методологическим аспектам любого системного исследования. С другой стороны, прикладная направленность системного анализа приводит к использованию всех современных средств научных исследований - математики, вычислительной техники, моделирования, натурных наблюдений и экспериментов.
Здесь необходимо отметить, что отдельные компоненты системного анализа, как правило, не обеспечивают в полой мере решения сложных проблем. Например, в 60-е годы пытались связывать надежды на повышение эффективности управления с внедрением электронных вычислительных машин и автоматизированных систем управления. Однако внедрение ЭВМ в процессы управления не дало предполагаемых результатов. Позднее стало понятно, что необходимо внедрять в сферу управления новые методы и модели, помогающие управленцу формировать целостное представление об управляемом объекте (процессе), организовывать процессы коллективной подготовки и принятия решений. Также стало очевидным, что необходимо понимать и учитывать закономерности функционирования и развития сложных систем, решать коренные социально-политические проблемы, изменяющие коренным образом принципы управления экономикой в нашей стране.
Системный анализ показывает, что в любой области деятельности каждое решение есть следствие поиска из множества возможных вариантов лучшего варианта. Наилучшими являются варианты, в полной мере соответствующие объективным законам общественного развития. До появления электронных вычислительных машин перебор возможных вариантов достижения конечной цели, как правило, осуществлялся человеком подсознательно, а решение было следствием творческого озарения. Лучшие решения, правильность которых подтвердила история, принадлежали гениям, обладавшим способностью интуитивного перебора множества различных вариантов достижения цели. Вспомните открытие Менделеевым периодической таблицы элементов, решение Кутузова в Филях, проекты кораблей Титова и многое другое. Увеличение числа взаимосвязей в обществе усложнило процесс выбора рационального варианта решения, одновременно повысилась степень влияния решений, принимаемых при управлении, на многие стороны человеческой деятельности. Появление электронных вычислительных машин, казалось бы, создало предпосылки для более качественного решения этой задачи. Однако машины сами по себе не способны полностью решить эту задачу, так как многие процессы и взаимосвязи в сложных социальных системах не поддаются формализации (математическому описанию) и не могут быть представлены на языке вычислительной машины. Кроме того, для перебора и оценки возможных формализованных вариантов достижения цели необходимо иметь специальный организационно-методический, информационный и математический аппарат анализа систем и вариантов их развития. Только наличие такого аппарата позволит обеспечить выработку и количественную оценку возможных вариантов с помощью компьютеров, оставив право окончательного выбора решения за человеком. Именно такое сочетание системного анализа и вычислительной техники позволит усилить интеллектуальные возможности человека при принятии решения в процессе управления. Однако, в полной мере это будет возможно после того, как путем исследования и анализа мы полностью поймем все процессы функционирования сложных систем управления и сможем выйти на необходимый уровень их формализации. Тем не менее, двигаться в этом направлении нужно, так как в любом случае лучшее понимание процессов, протекающих в сложных объектах, позволяет перейти на более качественный уровень организации системы управления.